En un precepte de Lotari del 982 es confirma el domini del lloc per part del monestir de Santa Maria de Ripoll i també de la seva església de Sant Isidor. Al document fundacional de la canònica de la seu gironina (1019) consta que aquesta comunitat entrà en possessió d’un alou situat in villa Pera .El 1058 l’església és anomenada Sancti Isidori cum ipsa Perai el 1159 Sancti Isidori de ça Pera.
El topònim és de significat clar, del llatí petra(‘pedra’), en català antic també pera, i al punt més alt del nucli són encara avui visibles els afloraments rocosos; més tard, ja al segle XIII, apareix en els documents la forma Piru, evident falsa llatinització, traducció literal que interpreta erròniament que el topònim prové de la fruita pera.
La Pera era lloc reial dins el comtat de Girona al segle XIV i el 1698 consta com a cap d’una batllia que incloïa també els llocs de Pedrinyà i de Caçà de Pelràs. És esmentat ja el 1017 Pubolen una butlla de Benet VIII que confirmava les propietats del monestir de Sant Esteve de Banyoles. Apareix al segle XI també amb la grafia Pubali Pubaloi en segles posteriors Pubel, Pubulo, Pugolsi altres. L’etimologia ha estat relacionada amb populus,’pollancre’, arbre freqüent a la vall de la Pera.
El 1020 Ermessenda de Barcelona restituí al bisbe de Girona la fortalesa i església de Púbol, i el 1065 el noble Gausfred Bastons de Cervià, personatge influent en la política comtal, cedí a Ramon Berenguer I l’alta potestat dels castells de Púbol i de Cervià de Ter. El 1149 Guillem Gausfred vengué tots dos castells a la casa de Llers, que posseí aquests dominis fins al segle XIV (sovint cognominant-se Cervià).
Des de la segona meitat del segle XIV passà a mans dels Campllong i el 1420 apareix ja un senyor de Púbol de cognom Corbera(en aquesta època es bastí el castell i l’església actuals). Descendents dels Campllong-Corbera foren els Requesens, els Muntanyans-Horta (cognominats Requesens-Campllong), els Oms, els Tormo, els Batlle i els Miquel, després marquesos de Blondel de l’Estany, vengueren el 1969 el castell al matrimoni format per Gala i Salvador Dalí i la baronia de Púbol perdurà fins a la fi de l’antic règim. El lloc forma part del municipi de la Pera, malgrat que aquest poble era cap d’una batllia reial, que no incloïa Púbol, lloc de baró.
