El poble de Pedrinyà, s'una vintena d'habitants, és poc més d’1 km al SW del cap de municipi, a la capçalera de la riera de la Pera, en un fondal envoltat de turons. Hi ha un reduït agrupament de masos al S de l’església i alguns altres masos disseminats que en llur majoria no són habitats permanentment.
El document més antic que esmenta el nom del poble data de l'any 971 i l'anomena "Petrinianus".L'any 1064 ve citat amb la forma "Parochia sancti Andree de Petriniano"en el testament del capíscol Ponç, que també era paborde de l'església de Sant Martí Sacosta de Girona. Pels anys 1279 i 1280, els delmes que satisfeien els parroquians es destinaven a l'obra de l'església: "Pro fabrica de Petriniano" (Rius, Decima, p. 72 i p. 100). El llibre verd dels feus de l'arxiu diocesà de Girona, compost l'any 1362, l'anomena "Parocia de sancti Andree de Petriniano". Segons l'etimologista Antoni Griera i Gaja, el nom del poble prové del nom de persona romà "Petrinianus", la qual cosa significaria que en l'època del domini romà algun personatge amb aquell nom va instal·lar-se en el terme del poble i hi feu la primera colonització.
Quan a mitjans del segle onzè es va construir el castell termenat de Púbol, aquest comprengué en el seu terme els pobles de Cassà de Pelràs, La Pera i Pedrinyà. Pedrinyà va caure dins de l'òrbita dels barons de Púbol. Això va durar fins a les darreries del segle catorzè en què els tres pobles satèl·lits van redimir-se de l'autoritat del baró, que era Jaspert de Campllong, i van esdevenir súbdits directes de la corona. En el segle XIV Pedrinyà figura encara com a parròquia; més endavant fou agregada a Sant Isidor de La Pera.
L’església de Sant Andreu de Pedrinyà és esmentada ja el 1064 en el testament de Ponç, perceptor de l’Església de Girona. A la fi del segle XIV era parroquial i més endavant esdevingué sufragània de la de la Pera. L’edifici és romànic, del segle XI, restaurat en 1975-76, especialment a l’interior, que era arrebossat. D’una nau i absis semicircular, la façana de ponent és l’única part del monument molt alterada tardanament. Les pintures murals romàniques que decoraven el mur i la volta del presbiteri es conserven al Museu d’Art de Girona. Aquest mural de Pedrinyà és l’exemple de pintura romànica més ben conservat del Baix Empordà, però hi ha alguns fragments perduts o malmesos. Hom considera aquestes pintures del segle XII o el començament del XIII, i estilísticament només s’ha pogut detectar un cert parentiu amb el cicle de Cardona. Per això s’han citat sovint com a obra d’un 'Mestre de Pedrinyà'.
